Jetpack Menu API使用時の注意

はてぶにブックマークを登録するJetpack Feature - まめ畑でJetpackのMenu APIを使用したFeatureを作成しましたが、Menu APIを使用してメニューバー内にメニューを作成すると、アドオンなどによって追加されたメニューが消えてしまう様です(初期状態に戻る)
Before

After

Menu APIを使用したFeatureを無効にすると、今までの設定を維持したまま復活するので、APIが上書きしているだけだと思います。仕様には特に記述が見当たらなかったので、ソースを読んでみたいと思います。

また、Jetpack0.5でComponents.classesを使用するには - まめ畑でJetpack0.5でComponents.classesやComponents.Interfaceを使用するとSecurity Errorが出るので別の方法をと書いたのですが、Jetpack0.6.2で同じコードを試したところ、Components.classesなどがエラーも出ず使用出来るようになってました。
アナウンスを見た覚えはないのですが、見逃しただけでしょうか。
バージョンがあがってセキュリティが下がったのは、何か要望が出たのでしょうか･･･?